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SEQUENZIAMENTO E ANNOTAZIONE DEI GENOMI

Paragrafo 4.2

[

87

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Figura 4.4

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Archaea

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EMBL-European Bioinfor-

matics Institute

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www.ebi.ac.uk/genomes

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C

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G

G

A

T

Libreria di frammenti di DNA

Adattatori

Ligazione agli adattatori

Adattatori catturati

sulla super%cie interna

della cella di &usso

Formazione del ponte

Ampli%cazione isotermica

del ponte e generazione

di

cluster

Denaturazione e

rilascio %lamenti

inversi

Sequenziamento per sintesi con terminatori reversibili

a)

b)

c)

d)

e)

f)

g)

FIGURA 4.4

W

Fasi della tecnologia ILLUMINA di sequen-

ziamento massivo del DNA. Le fasi illustrate nella figura

sono:

a)

il DNA è frammentato in pezzi di 200-600 basi;

b)

corti oligonucleotidi, chiamati

adapters

, sono legati ai

frammenti di DNA;

c)

il DNA è denaturato e i frammenti

di DNA a singola catena sono posti su una superficie dove

sono presenti dei

primer

complementari agli

adapters

, che

quindi si appaiano tra loro;

d)

il DNA viene fatto replicare

per formare dei

cluster

di frammenti unici sulla superficie;

e)

le doppie eliche sono quindi denaturate per formare clu-

sters di filamenti singoli di DNA;

f)

primer

specifici vengono

quindi aggiunti che si appaiano ai framenti singoli di DNA

e il sequenziamento avviene per sintesi del DNA con l’uso di

nucleotidi fluorescenti (illustrato nella parte in basso della

figura);

g)

la sequenza viene rilevata automaticamente da

un computer collegato a un fotorilevatore.